Egy kis bányászfaluban él Pazu, az árva. Minden vágya, hogy egyszer láthassa a legendás égi palotát, amiről egykor elhunyt édesapja készített fotót. Maga sem hiszi, hogy egyszer lehetősége lesz erre, mégpedig az égből aláhulló, titokzatos medált viselő kislánnyal, Sheeta-val együtt. Azonban nem ússzák meg kíséret nélkül, a sziget kincseit megszerezni akaró kalózbanda és Muska, a katonaság által támogatott, hatalomra vágyó titkosügynök ered a nyomukba. Kiderül, hogy Sheeta medálja valójában egy varázserővel bíró ékkő, am Laputa ősi civilizációjának kulcsát jelenti. A történetből kiderül, a két gyerek képes lesz-e megmenteni a felhők közt lebegő birodalmat.
