Alex, az oroszlán, Gloria, a víziló, Marty, a zebra és Melman, a zsiráf eddig boldogan töltötték életük napjait egy New York-i állatkertben, ahol semmi jóban nem szenvedtek hiányt. Ám Martyt gyötri a kalandvágy, ezért néhány pingvin segítségével megszökik, hogy kielégítse kíváncsiságát és felfedezze a világot. Barátai nem késlekednek és a nyomába erednek, hogy visszahozzák az állatkertbe a szökésben lévő zebrát, mielőtt az emberek felfedeznék, hogy eltűnt. A metróban azonban nem kis feltűnést kelt az oroszlán, a víziló és a zsiráf hármasa. A Központi Pályaudvaron rábukkannak Marty-ra, de mielőtt elérhetnék a hazafelé tartó metrót, elkábítják és elfogják őket. Egy Afrikába induló hajóra pakolják az állatokat olyan emberek, akik azt hiszik, ezzel jót cselekszenek és megmenthetik az állatokat a nagyvárosi élettől. Amikor a cselszövésben jártas pingvinek megrongálják a hajót, a jó barátok Madagaszkár partjainál találják magukat.
